Wade Wilson leva uma vida tranquila e deixou para trás o trabalho de mercenário até ser arrastado para uma nova missão pelo Agente Paradox, da organização exterior ao tempo e ao espaço, que monitoriza a linha cronológica. Com o universo em que habita em risco de extinção, um relutante Wilson associa-se a um ainda mais relutante Wolverine numa missão capaz de alterar a história do Universo Cinematográfico Marvel. O inimigo comum é Cassandra Nova, a maléfica irmã gémea do Professor Charles Xavier, que representa uma ameaça para o multiverso.